Le sous-marin, brisé en trois parties et qui avait disparu mercredi, a été retrouvé dans le fond marin au large de Bali, selon le chef d'état-major de la marine Yudo Margono.
Le commandant des forces armées indonésiennes Hadi Tjahjanto a confirmé aux journalistes que "les 53 membres d'équipage sont tous décédés".
Des centaines de militaires et une vingtaine de bateaux ont été mobilisés pour localiser le KRI Nanggala 402, un submersible vieux d'une quarantaine d'années de construction allemande.
La marine avait estimé à 72 heures les réserves maximales d'oxygène dont disposaient les membres d'équipage en cas de panne d'électricité et ce délai a été franchi tôt samedi matin, rendant leur survie improbable.
"Sur la base des éléments que nous pensons venir du KRI Nanggala, nous avons changé le statut du sous-marin de +disparu+ à +coulé+", a indiqué Yudo Margono, porte-parole de la marine ind onésienne au cours d'une conférence de presse. Les débris retrouvés "n'auraient pas pu sortir du sous-marin sans une pression externe ou sans des dommages à son système de lance-torpilles", a-t-il précisé.
La marine a retrouvé plusieurs objets dont un morceau du système de torpille et une bouteille de graisse utilisée pour lubrifier le périscope du sous-marin. Ce type de sous-marin est fait pour résister à une pression jusqu'à 300 ou 400 mètres de profondeur.
Leur coque risque de se rompre en cas de pression plus forte.
La marine a affirmé précédemment que le sous-marin, livré à l'Indonésie en 1981, était en bon état pour le service malgré son âge. L'archipel d'Asie du Sud-Est ne dispose pas de ses propres capacités de sauvetage de sous-marin et a fait appel à des marines étrangères.
Les Etats-Unis ont envoyé des troupes aéroportées tandis que deux navires de la marine australienne sont arrivés sur zone.
Des renforts d'Inde et de Malaisie ainsi qu'un vaisseau singapourien spécialisé dans les secours aux sous-marins, le MV Swift Rescue, sont aussi attendus.