Finalement, Wayne Rooney signe un contrat de six ans en faveur de Manchester United à l'été 2004, la transaction est estimée à environ 31 millions d'euros 2.
Dès son arrivée, Rooney s'affirme comme l'un des meilleurs espoirs du football britannique. Marquant plus de 10 buts en championnat par saison dès ses premières années dans le club mancunien, il reçoit en 2005 et 2006 la récompense de meilleur espoir de Premier League.
Le 22 octobre 2010, deux jours après son annonce de départ, Wayne Rooney signe un nouveau contrat de cinq ans avec le club mancunien4. Il s'agit d'un complet retournement de situation dans l'affaire qui secouait le football anglais depuis une semaine.
Il déclare alors « Je signe un nouveau contrat en étant absolument convaincu que l'encadrement, les entraîneurs, la direction et les propriétaires s'engagent à faire en sorte que le club poursuive son histoire victorieuse. » Après cette réévaluation de contrat, il devient un des joueurs les mieux payés au monde (hors contrats publicitaires) avec un salaire annuel de près de 14 millions d'euros.