Wayne Rooney passe son enfance à Croxteth, un quartier excentré de l'est de Liverpool, en compagnie de ses deux frères cadets. Scolarisé à l'école catholique locale, la De La Salle Catholic School, il grandit en supporter du club anglais d'Everton, son idole étant Duncan Ferguson.
Après avoir évolué sous le maillot des Liverpool Schoolboys et des Dynamo Brownwings, Rooney signe à Everton peu avant son onzième anniversaire. S'ensuit une reconnaissance nationale le 19 octobre 2002 lorsqu'il devient le plus jeune buteur de l'histoire de la Premier League à 16 ans et 360 jours (record battu par deux fois depuis, d'abord par James Milner puis par James Vaughan) à l'occasion d'un match contre le club d'Arsenal.