Ce défenseur au gabarit imposant, est le fils d'une légende du catch européen Franz Van Buyten. Il vit à Froidchapelle, où il fait ses débuts chez les juniors dans le club local (1986-1991)2. Il est depuis 2006 l'un des piliers du Bayern de Munich. Il a été cité parmi les meilleurs défenseurs centraux de la Bundesliga 2005-2006.
Après un début de carrière professionnelle en Belgique au SC de Charleroi d'abord et au Standard de Liège ensuite, il ne tarde pas à être considéré comme un des meilleurs défenseurs de championnat. Dès lors, tout normalement, un transfert vers l'étranger est inéluctable. Sa carrière prend une certaine dimension en 2001, lorsqu'il rejoint l'Olympique de Marseille pour 12 M€.
Au sein de ce club, il reprend le rôle de « défenseur-buteur » qu'avait l'international français Laurent Blanc (parti du club en 1999). Possédant un véritable flair d'attaquant, Daniel Van Buyten marque aussi bien sur les corners (où son jeu de tête est redoutable) mais aussi dans le jeu, grâce à ses montées et à ses tirs précis. En 2004, il rejoint le club de Hambourg SV après un passage éclair dans le championnat d'Angleterre.
Les deux saisons qu'il passe à Hambourg, lui permettent de se tailler une solide réputation en Bundesliga. Cette réputation va attirer le Bayern Munich à la recherche de nouveaux joueurs pour consolider son effectif et qui l'engage en 2006. Dès sa première saison et malgré la forte concurrence dans la défense centrale bavaroise (Valérien Ismaël, Martin Demichelis, Lúcio), Van Buyten devient (avec Lucio) le choix privilégié d'Ottmar Hitzfeld.
Toujours aussi redoutable comme buteur, il marque deux fameux buts en Ligue des champions le 3 avril 2007 en 1/4 de finale face au Milan AC, sauvant son équipe dans la dernière minute !
Mais cet exploit ne l'empêche pas de regagner le banc des remplaçants lors des deux saisons qui suivent.
Bien qu'il ait un temps de jeu relativement important, il est surtout sollicité pour pallier les forfaits de Lúcio ou de Demichelis ou pour entrer en jeu comme buteur providentiel lorsque son équipe est menée. Lors de la saison 2009-2010, il retrouve une place de titulaire indiscutable grâce notamment au départ de Lúcio et à l'arrivée de Louis van Gaal aux commandes du Bayern Munich. Souvent décisif, il devient l'un des meilleurs buteurs du club.
Lors de la phase aller de la Bundesliga 2010-11, Daniel, à l'image de toute la défense de son équipe (Philipp Lahm mis à part), n'est plus que l'ombre de lui-même, et finit même par stigmatiser à lui seul les difficultés défensives du Bayern, qui encaisse beaucoup trop de buts, comparé à la saison précédente.
La chaîne de télévision allemande ZDF va même jusqu'à déclarer que « Van Buyten est agile comme un lampadaire »3 suite à une nouvelle erreur du Belge lors de la 14e journée de Bundesliga. Cependant, il retrouve son niveau lors de la dernière partie de saison, et contribue à aider son club à se hisser sur la troisième marche du podium de la Bundesliga.
Début 2012, il est annoncé à Monaco pour aider le club à revenir au top, cependant il refuse l'offre car, à l'aube de ses 34 ans, il a une place de titulaire indiscutable au Bayern Munich. Malheureusement, lors de la reprise fin janvier il est victime d'une facture du métatarse qui le met sur la touche pour deux mois.
Après un retour in-extrémis pour la finale de la Ligue des champions (qu'il perd une deuxième fois avec le Bayern, à domicile cette année là), il signe pour un an supplémentaire en Bavière. Un début de saison 2012-13 difficile l'attend, il est blessé, et doit attendre le mois de novembre pour rejouer en Bundesliga et en sélection.