La législation autorise le prélèvement sur les donneurs en état de mort encéphalique après consentement de ces derniers. La loi 85-05 de février 1985 relative à la promotion et la protection de la santé fixe les dispositions fondamentales en matière de santé et concrétise les droits et devoirs relatifs à la protection et à la promotion de la santé et de la population.
Le prélèvement d'organes sans le consentement de la famille est également autorisé lorsque la vie du receveur est menacée, selon l'article de la loi 90-17 de 1990 portant sur la création du Conseil national de l'éthique. S'agissant des établissements autorisés à pratiquer le prélèvement et la greffe, ils sont définis par l'arrêté n°30 du 2 octobre 2012. Les critères scientifiques permettant la constatation médicale et légale du décès en vue des prélèvements d'organes et des tissus sont fixés par l'arrêté n°34 du 19 novembre 2002.
L'arrêté n°35 du 30 novembre2002 définit, quant à lui, le modèle type de documents relatifs au constat du décès de la personne sujette au prélèvement et à l’autorisation de prélèvement. Les missions, la composition, l’organisation et le fonctionnement du comité national de greffe d’organes et de tissus sont fixés par l'arrêté n°49 du 20 juillet 2009. Plusieurs actions sont en cours de réalisation dans le cadre de la greffe d'organes, à savoir la création de l’Agence Nationale Algérienne des greffes d’organes de tissus et de cellules dont le décret a été signé en mars 2012.
L’organisation de cette Agence sera prochainement mise en place et permettra le développement du prélèvement sur les patients en état de mort encéphalique et la répartition des greffons. Il est également question de la création de la liste nationale des demandeurs de greffes d’organes, de tissus et de cellules et la création d’un registre de suivi de donneurs d’organes. La création d’un laboratoire national de référence en immunologie ainsi que le développement de la greffe du poumon, du pancréas et du cœur sont aussi prévus. Il est aussi envisagé le développement des moyens de diagnostics du rejet ainsi que la mise en place de banques de tissus et de cellules.
Dans le cadre du fonctionnement de l'agence nationale des greffes, un appui technique à l’agence nationale des greffes d’organes est aussi souhaité. Cet appui est nécessaire dans les procédures menant à la greffe, notamment dans la mise en place d’une banque de tissu, l’instauration d’une culture du don, la création d’un centre de greffe pédiatrique, la réalisation d'un système d’information en matière de greffe et la mise en place d’une démarche d’assurance qualité. Concernant la formation, il est aussi recommandé la formation de formateurs et spécialistes de la greffe (coordinateurs, préleveursà), de la transplantation,de la Procréation médicalement assistée (PMA) et de la génétique humaine.
Le ministère des Affaires religieuses a autorisé en 2003 la greffe d'organes à partir d'une personne décédée
Le ministère des Affaires religieuses et des wakfs avait émis en 2003 une fatwa autorisant la greffe d'organes à partir d'une personne décédée.«Le prélèvement d'organes tels que l'œil, le rein, l'épiderme ou le cœur d'une personne qui vient de décéder pour les transplanter dans le corps d'une personne vivante pour la sauver est autorisé», selon une fatwa émise par l'ancien président du Haut conseil islamique (HCI), Cheikh Ahmed Hamani, et approuvée par le Conseil scientifique islamique de la Mecque.
Elle est conforme à la fatwa émise par l'institution égyptienne Dar el-Iftaa (chargée du décret religieux) et la commission de la fatwa de la mosquée d'Al Azhar qui autorise «le prélèvement d'un œil d'une personne décédée pour le transplanter sur une personne vivante ou le placer dans la banque d'organes en vue de rendre la vue à un non-voyant». Selon la même source, cela «n'est pas une offense à la personne décédée et est permis du point de vue religieux».
Selon cette fatwa, le prélèvement d'un organe d'une personne décédée «est autorisée par l'Islam et ne constitue pas une offense. L'être humain peut, de son vivant, faire don de son corps ou charger quelqu'un de faire don de ses organes après sa mort».
La fatwa autorise, en outre, «le prélèvement d'un organe d'une personne décédée au profit d'une personne vivante, notamment le prélèvement de l'épiderme d'une personne décédée durant les 18 heures qui suivent son décès pour soigner les blessures profondes d'une personne vivante». Elle autorise également le don de rein par une personne vivante à une autre malade, car le donneur peut vivre avec un seul rein, à condition de «le faire sans contrainte aucune et de son plein gré». La fatwa rappelle que Dieu récompense ceux qui contribuent à sauver une vie humaine.