Les modalités de fonctionnement du Fonds national de l’environnement et du littoral ont été définies par un décret exécutif publié au Journal officiel no 31.
Financièrement, ce fonds est alimenté à partir d'une taxe sur les actions polluantes et dangereuses pour l’environnement, des taxes spécifiques fixées par les lois de finances, des produits des amendes perçues au titre des infractions à la législation sur la protection de l’environnement et du littoral, ainsi que des dons et de dotations éventuelles du budget de l'Etat.
Les recettes proviennent aussi des indemnisations au titre des dépenses pour la lutte contre les pollutions accidentelles occasionnées par des déversements de substances chimiques dangereuses dans la mer, le domaine hydraulique, les nappes souterraines et l’atmosphère.
Quant aux dépenses devant être prise en charge par ce fonds, elles sont liées à l’aide aux actions concourant à la reconversion des installations existantes vers les technologies propres, au financement des actions de contrôle de la pollution et de surveillance de l’état de l’environnement.
Ce fonds est aussi chargé de financer les études, les expertises préalables à la réhabilitation des sites, et la recherche scientifique réalisées par des institutions de l’enseignement supérieur ou par des bureaux d’études nationaux ou étrangers.
Les études et les programmes de recherches appliqués afférents à la protection du littoral et des zones côtières, les actions de dépollution, de protection et de mise en valeur du littoral et des zones côtières et les interventions d’urgence en cas de pollution accidentelle en général et la pollution marine en particulier bénéficient aussi du financement de ce compte d'affectation spécial.
Ses dépenses portent aussi sur l’information, la sensibilisation et la vulgarisation relatives aux questions de l’environnement faites par les institutions nationales ou des associations d’utilité publique et projets d’utilité publique dans le cadre de partenariat avec les associations activant dans le domaine de l’environnement.
Les financement du Fonds concerne également les encouragements aux projets d’investissements intégrant des technologies propres, les subventions destinées aux actions relatives à la dépollution industrielle et les subventions destinées au financement des actions relatives aux installations communes de dépollution, réalisées par les opérateurs publics et privés.
La promotion des activités de recyclage et de valorisation des déchets et les contributions financières aux centres d’enfouissement technique (CET) pour une durée de trois (3) années à compter de leur mise en exploitation sont aussi financées par le Fonds national de l'environnement.
